اوزونتراپی توسط پزشکان متخصص و فوق متخصص انجام می شود. پرکاربردترین روش اوزونتراپی، اُتوتراپی است که بیشترین تاثیر درمانی را نیز دارد. در این روش، بیمار روی صندلی مینشیند و بین ۶ تا ۱۲ اُنس از خون او گرفته میشود و در یک بطری استریل و ضدعفونی ریخته میشود، سپس اوزن به این بطری اضافه میشود و بطری به آرامی تکان داده میشود تا گلبولهای سفید قرمز خون با اوزون ترکیب شوند و سپس دوباره خون در بدن تزریق میشود.

این روند در حدود ۳۰ الی ۴۰ دقیقه طول میکشد. تزریق اوزون، به بدن شوک وارد میکند و موجب فعال شدن سیستم آنتیاکسیدان در بدن میشود و در نتیجه سیتوکینها و سایر فاکتورهای فعال ساز سیستم ایمنی بدن، آزادسازی میشوند که این امر موجب تسریع روند بهبودی میشود. تزریق اوزون ممکن است به صورت دوبار در هفته باشد و یا دفعات تکرار آ بیشتر و حتی ال دوبار در روز برسد که این موضوع به شرایط بیمار و دیگر عوامل بستگی دارد. دورهی درمان ممکن است بین ۴ هفته تا چندین ماه طول بکشد.
